تفعيلا لميثاق المدرسة الألمانية الإنجيلية الثانوية بالقاهرة ، وإحياءً لسمة الالتقاء بها ، تتيح المدرسة برنامجين تعليميين متكافئين هما :
يبدأ التلاميذ المصريون – اعتباراً من الصف الأول الابتدائي – في تعلم اللغة العربية الفصحى نطقا وكتابة ، ويستعين القسم المصري في سبيل تحقيق ذلك بالمنهج التحليلي في تدريس اللغة العربية الذي يقوم على الصوتيات، وعلى التطبيق المنطقي لمبادئ القراءة والكتابة، كما تتنوع الطرائق التعليمية المستخدمة في المرحلة الابتدائية بهدف تفعيل التعليم المتمركز على الطالب، مما يضفي على المناخ التعليمي التشويق والمهنية.
أيضا يدرس الطلاب المصريون – بدءاً من الصف الأول الابتدائي – التربية الدينية كمادة إجبارية ، إذ يتم تدريس كل من مادة التربية الدينية الإسلامية ، ومادة التربية الدينية المسيحية باللغة العربية . وينتظم الطلاب في دروس التربية الدينية حتى الصف الثاني عشر.
أما الدراسات الاجتماعية فتشمل مواد التاريخ والجغرافيا والتربية الوطنية، ويسلط الضوء في هذه المواد على مصر في المقام الأول ، ثم تمتد إلى العالم. تبدأ دراسة هذه المواد في الصف الرابع الابتدائي ، و تستمر الدراسة إلزامياً إلى المرحلة الثانوية .
أما الطلاب غير المصريين فتتيح المدرسة لهم – في مجموعات دراسية صغيرة – فرصة تعلم اللغة العربية للناطقين بغيرها . وتعتبر مادة إلزامية ولكنها لا تؤثر في قرار النقل.