تتضمن المرحلة المتوسطة الصفوف من الخامس إلى العاشر، وتنقسم إلى أربع مستويات، حيث ينقسم الصف إلى أربعة فصول بما فيهم المرحلة ن. هنا يلتقي التلاميذ من خلفيات ألمانية ومصرية، ومعظمهم بدأوا في المدرسة الألمانية الإنجيلية الثانوية بالقاهرة منذ أن كانوا في رياض الأطفال.
المنهج المعمول به في المدرسة يتوافق مع المناهج الألمانية المعتمدة من المؤتمر الدائم لوزراء الثقافة في ألمانيا؛ علمًا بأن هدفنا الأسمى هو الانتقال إلى المرحلة العليا بنجاح.
لغة التدريس في الأساس هي الألمانية، كما نحرص على تطبيق مبادئ تربوية معترف بها مثل التعليم المتمركز على الطلاب وتنمية المهارات وتنويع الأساليب والطرائق المستخدمة.
بالإضافة إلى المناهج الألمانية ، يتلقى الطلاب المصريون دروسًا إلزامية في اللغة العربية والتربية الدينية والدراسات الاجتماعية، في حين يتلقى الطلاب الألمان برنامجًا بديلًا يتضمن أيضًا مدخلًا إلى اللغة العربية.
جميع الطلاب حاملي الجنسية المصرية يؤدون امتحان الشهادة الإعدادية المصرية في نهاية الصف التاسع.
يتلقى الطلاب في البرنامج المصري حصصًا تفوق في عددها حصص الطلاب في البرنامج الألماني بمقدار حصتين إلى ست.