Die Nationalfächer an der Deutschen Evangelischen Oberschule Kairo werden von qualifizierten ägyptischen Lehrkräften unterrichtet. Die diagnostischen Fähigkeiten der ägyptischen Kollegen ermöglichen eine angemessene Einschätzung der Schüler und Schülerinnen, um ihnen bei Bedarf die nötige Unterstützung zu gewähren und sie beim Erwerb wichtiger Kompetenzen zu begleiten. Alle Nationalfächer unterliegen der ägyptischen Versetzungsordnung.
Ab Klasse 10 kann die arabische Sprache im Rahmen der Abiturordnung als Hauptfach bzw. Fremdsprache zum Ausgleich anderer mangelhafter Noten hinzugezogen werden. Andererseits müssen die Schüler und Schülerinnen im Falle nicht ausreichender Leistungen im Fach Arabisch eine Nachprüfung ablegen, um der Prüfungsordnung des ägyptischen Bildungs- und Erziehungsministeriums gerecht zu werden.